Krypty
Początkowo zmarłych grzebano w grobach ziemnych: kapłanów w prezbiterium, świeckich wzdłuż ścian korpusu nawowego. Miejsce pochówku zaznaczano kamiennymi płytami nagrobnymi z napisem identyfikacyjnym, a niekiedy także podobizną zmarłego. Jedynie w kaplicy św. Anny była krypta grobowa dla władz i rady miasta.
Wszystkie płyty nagrobne usunął z kościoła przed 1630 rokiem prepozyt Marcin Kłoczyński, zakładając nową posadzkę i budując równocześnie krypty. Krypta dla prepozytów klasztoru znajdowała się w absydzie, tuż przy ołtarzu głównym. Kryptę dla zakonników umieszczono w prezbiterium między stallami. Nadto, w kaplicy Matki Boskiej Częstochowskiej (dawniej Loretańskiej) znajdowała się krypta rodziny Różyckich, w kaplicy Zwiastowania krypta rodziny Rarowskich, przy ołtarzu św. Józefa (dawniej Dziewic) grób rodziny Lexów i Haberkostów. W kościele grzebano też Respondowskich, Golińskich i Mieleckich, ale ich groby zostały usunięte w XIX wieku.