Wygląd zewnętrzny kościoła
Stojąc na Placu Wolnica widzi się całą długą bryłę kościoła otoczoną drzewami smukłych topoli i rozłożystych klonów.
Oglądając kościół ze wszystkich stron w różnych porach dnia i roku, we mgle, przy pełnym słońcu i zmroku można dopiero w pełni ogarnąć wielkie bogactwo widoków, perspektyw urbanistycznych, rozmaitość, wartości plastyczne detali, przepiękne i harmonijne powiązanie ze sobą stylów gotyku, renesansu i baroku. Nic więc dziwnego, że kościół zaliczony został do zabytków architektury o wartości i znaczeniu w skali ogólnopolskiej i europejskiej.
Kościół jest budowlą orientowaną, ma 73 m długości, 24 m szerokości i prawie 30 m wysokości. Jego potężne mury, w których widoczne są otwory po maczulcach, wykonane są z cegły o układzie polskim z zastosowaniem zenderówki we wzorach rombowych na korpusie, kamienia łamanego oraz ciosu użytego do części konstrukcyjnych i detali architektonicznych.
Od strony północnej kościół obudowany jest zakrystią i skarbcem, nad którym mieści się oratorium zakonne. Skarbiec i oratorium tworzą rodzaj nawy poprzecznej, niższej od nawy głównej a wyższej od bocznej. Między kruchtą północną a skarbcem mamy tzw. kapitularz wzniesiony w 1632 roku staraniem prepozyta Kłoczyńskiego na pomieszczenie rzeźb zespołu Kalwarii, które niegdyś stały w przyległej nawie bocznej.
Od strony wschodniej kościół połączony jest z klasztorem wąskim przejściem wspartym na trzech ostrołukowych arkadach. Przejście zostało wykonane w połowie XV wieku.
Wschodnia część prezbiterium kościoła do XVII wieku była obudowana Ogrójcem. Z Ogrojca tego nie ma dzisiaj nawet śladu, za to odsłonięte mury świątyni zyskały wiele. Przyglądając się ścianom wydłużonego i zamkniętego pięcioma bokami prezbiterium, w okolicy ołtarza wielkiego zauważyć można dwa niewielkie okienka, dzisiaj już nieczynne. Kronika zakonna podaje, że przez te okienka spowiadano w czasie epidemii oraz udzielano chorym komunii świętej.
Nad prezbiterium wznosi się nieduża, barokowa wieżyczka zwana sygnaturką z 1778 roku. Jej powstanie wiąże się z działalnością arch. Franciszka Placidiego.
Wzdłuż prezbiterium aż do południowej nawy bocznej biegną piękne, trójuskokowe i zakończone trójkątnymi szczytami z fialami skarpy podtrzymujące napór sklepienia. Przedzielają one wysokie, smukłe, rozglifione i ostrołukowo zamknięte gotyckie okna, łącząc się z kamiennym gzymsem okapowym tuż pod strzelistym dachem pokrytym czerwoną dachówką.
Od strony południowej do korpusu nawowego kościoła przylega kaplica Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny z XVII wieku oraz kaplica św. Anny z XV wieku.
Skarpy korpusu nawowego, o wiele uboższe, dyskretnie wyłaniając się z wiązania dachu na bocznych nawach, prowadzą do okazałej ściany frontowej kościoła, wykończonej w 1500 roku, która wznosi się ponad pokrycie dachu i zazębia w pięciu kondygnacjach. Z każdego z dziewięciu ceglanych zębów wyrasta właściwa stylowi gotyckiemu ciosowa, ozdobna wieżyczka zwana fialą. W środkowej części ściany, wolne między murowanymi laskami przestrzenie, wypełnia sylwetkowa płaskorzeźba Chrystusa z otwartą raną boku, z której wypływa krew do kielicha umieszczonego poniżej, oraz postacie Matki Bożej i św. Jana Apostoła. Pod rzeźbami mamy dwa razy powtórzony herb Polski i Litwy oraz herby kard. Fryderyka Jagiellończyka oraz jego matki królowej Elżbiety Rakuszanki – dowód opieki rodziny królewskiej nad kościołem i klasztorem. Ścianę frontową ozdabia również szerokie okno ostrołukowe wybite w 1595 roku staraniem prepozyta Stanisława Manieckiego. Cały fronton został odrestaurowany w latach 1994-1997. W 1997 roku, poczynając od wieży, rozpoczęto czyszczenie cegły ścian zewnętrznych.
Budowla obwiedziona jest profilowanym cokołem z kamienia ciosowego. Cokół był niegdyś przykryty ziemią. Odsłonięto go dopiero w latach 1936-38 kiedy rozpoczęto prace przy kanale chroniącym ściany przed wilgocią.