Przeniesienie organów 1858-1860
W roku 1860 ukończono przeniesienie organów z prezbiterium na wybudowany wcześniej, bo w 1772 roku, chór (usunięto wtedy kilka głosów, a inne dodano).
Teraz powiemy co zrobiono po innych kościołach, a najprzód w kościele Bożego Ciała kanoników regularnych. Począwszy od roku 1858 to jest od czasu gdy z polecenia władzy apostolskićj objął nad tem zakonem przełożeństwo J. K. Słotwiński zesłany na tę godność z Rzymu, widoczniejszą coraz więcej się staje staranna piecza o ten kościół a w tem o ów porządek uszczęśliwiający nas zawsze gdy się z nim spotykamy po kościołach , gdyż ten porządek zewnętrzny jest odzwierciedleniem porządku wewnętrznego dusz tych kapłanów co nad temi kościołami mają opiekę. I tak w kościele tym przez ten czas zreparowano główny dach zaciągając nowe belki i krokwie; sklepienia boczne od północy grożące upadkiem zabezpieczono zciągającemi ankrami i kopułę wieży w miejscach nadpsutych blachą pokryto. Organy które po r. 1644 Prałat Jacek Liberyusz Kaźmirzanin wystawił w Presbyteryum przeniesiono ztąd w nawę główną kościoła na wielki chór. Popsute zaś zupełnie te organy oddano w naprawę orgarmistrzowi Wojciechowskiemu, a ton dwóchletnią mozolną ze znawstwem kierowaną pracą nie tylko te naprawił ale i ulepszył. Przeniesienie tych organów przyozdobiło wnętrze kościoła, bo na początku XVII wieku dane tu zamiast okna wązkiego gotyckiego wielkie a szerokie, zakryte temi organy zostało, przez co przyćmione zbytnie światło tak niewłaściwie użyte w gotyckim kościele. Wspomnieć to także należy iż opustoszały ogromny gmach klasztorny został odnowiony tak zewnątrz jak i wewnątrz a w tem tak zwany Refektarz przyozdobiony ołtarzami przedstawiającemi w naturalnej prawie wielkości królów i hetmanów naszych co tem więcej nas ucieszyło że te obrazy już na zniszczenie skazane były gdyż na strychach klasztornych odszukane zostały.[14 IV 1961 „Czas”]
Co do organu pisze p. M., że był zupełnie zdezelowany. I tu muszę powtórzyć że się myli; organ ten w przeciągu lat 14 mego przełożeństwa dwa razy reparowany i był w stanie używalnym, lecz w miejsca nateraz niedogodnym; a nadto p. Mączyński niezastanowił się dla czego organ był w presbyteryum początkowo umieszczony i jakby na powietrzu bo na kilku belkach w mur wpuszczonych zawieszony?
opowiada dalęj że za przeniesieniem organu, odkryto okna gotyckiej struktury, które miały wiele przydać światła świątyni, gdy tymczasem okna te wychodzą pod strych dachu nad skarbcem i są od początku budowli kościoła zamurowane, czyli tak zwane ślepe i teraz ich nieotworzono dla światła, bo go tam niema.
Niewidzi także p. M. iż za przeniesieniem organu na chór wielki, kościół został w nawie swojej ściemniony przez zamurowanie okna wielkiego niemal do połowy od dołu, rzucającego światło na całą świątynię. Kiedyśmy budowali i stare mury opustoszałe na mieszkania przerabiali, nateraz użyteczne i dochód Zgromadzeniu przynoszące, nikt wtedy nato niezwracał uwagi, dla czegóż dzisiaj spotykać nas ma niezasłużony zarzut lekceważenia pamiątek, które nam są równie jak każdemu drogie. Zgłębiajmy rzeczy, o których mówimy, a mianowicie jeżeli niooparte na fakcie twierdzenie może komu ubliżyć, a pisząc piszmy prawdę quia scripta manent.
X . Franciszek Tomasz Madejski , kanonik Regular. Laterań. Wikary na Zwierzyńcu [27 VI 1861 „Czas„]
Kronika miejscowa i zagraniczna. Kraków 16 października. … — Jutro to jest we czwartek odbędzie się o godz. 3ej po południu próba organów w kościele Bożego Ciała na Kazimierzu, naprawionych przez p. Wojciechowskiego. [17 X 1860 „Czas”]
Opis przeniesienia organów z Prezbiterium na chór muzyczny można znaleźć w periodyku Ognisko – było to pismo tygodniowe, poświęcone interesom rolnictwa, przemysłu, handlu, sztuki i rzemiosł. Nr 52, 22 grudnia 1860 rok.
Z prawdziwą pociechą dowiadujemy się, że W. Ks. Słotwiński zostawszy przełożonym Zgromadzenia Księży Kanoników Regularnych na Kazimierzu, zajmuje się gorliwie restauracją tak klasztoru, jak też jednego z najwspanialszych kościołów w Polsce, (kościoła Bożego Ciała.) Nie mówiąc już o innych reperacjach w Świątyni tej dokonanych, mówić tu głównie chcemy o starożytnym bo 207 lat mającym (nieznanego mistrza) organie. Ten szanowny kapłan uważając, że belki na których spoczywa cały ogrom organowego ciężaru nachylił się, a w obawie runięcia całego organu, postanowił takowy przenieść z prezbiterium do głównej nawy to jest w właściwe mu miejsce.
Zaprosiwszy przeto p. Ignacego Wojciechowskiego organmistrza, jako znanego już w wielu tego rodzaju dokonanych prac, tak u nas jak i za granicą powierzył mu przeniesienie, oraz zupełne (stósownie do nowego chóru) przerobienie rzeczonego organu. Praca ta została w terminie wykonana a próba odbyła się przy licznѐm zgromadzeniu amatorów i znawców muzycznych, dnia 18 października b. r.
Prócz poprawienia i przerobienia niektórych siłą czasu zużytych głosów, dorobiono nowych 8 jakoto: w P e d a l e subbas i violonbas, w M a n u a l e cztery, Flet amabil stop 8, głos wierzbowy stop 8, Kwint Amor stop 8, flet mniejszy stop 4, w p o z y t y w i e 2.pryncypał stop 8. Tudzież jeden miech własnego wyrobku, w miejsce siedmiu dawniѐj miechów przy tym organie niezbędnych.
Amatorowie i artyści unosili się nad melodyą i harmonią, jak niemniѐj nad jędrnością czystością wszystkich tonów tego organu, w końcu nad charakterystyczną delikatnością szczegółowych głosów. Mianowicie głos wierzbowy w połączeniu z innemi, jako to z fletem amabil, lub innemi fletami zadowolnił wszystkich tak, że nie pozostało do życzenia. – Organ ten według zdania znawców równa się katedralnemu, a przewyższa wszystkie inne organy w Krakowie.
X. B Św. P. a.
Gdy organy stały na chórze, remont przeprowadził Aleksander Żebrowski, który pozostawił tu swoje inicjały Ż.A. Wiadomo o nim, że naprawiał organy w Krakowie w latach 1885-1914 m.in. w Kościele Mariackim, w kościele św. Anny i innych. Da się też odczytać nazwisko KWAŚNIEWSKI 1934. Są jeszcze inne inicjały, lecz mało czytelne i w obecnie nie można ich jednoznacznie zidentyfikować (T.M. i inne).
Podczas remontu okna w szczycie kościoła w r. 1900 rozebrano tylną część organu, wyjęto piszczałki, które później nie wróciły na dawne miejsce (zaginęły bez śladu). ks. Teofil Widełka CRL.
Wzmianka o organach z 1911 r. Kapituła Katedralna w Krakowie zawarła umowę z organmistrzem Kazimierzem Żebrowskim na przebudowę organów w katedrze na Wawelu. W umowie jest zapis: Kwinta dena w Manuale II będzie intonowana na wzór u Bożego Ciała w organach się znajdującej.
W opublikowanym w 1931 roku periodyku „Muzyka Kościelna”, ówczesny organista przy kolegiacie św. Floriana – Franciszek Przystał opisał organy w kościołach krakowskich.
Kraków – ten, polski Rzym – posiadający najwięcej i najpiękniejsze kościoły w Polsce, może również poszczycić się pięknymi organami. Najstarsze z nich, to organy w Kościele Bożego Ciała o bogatej romańskiej strukturze i pięknie brzmiących głosach. Zbudowane prawdopodobnie w XVII wieku, restaurowane przez organomistrza Wojciechowskiego z Krakowa w XIX wieku, posiadający 23 głosy, 2 manuały o 45 klawiszach i ped. o 21 klawiszach. Mimo wielkiego zniszczenia przez czas używane są do dnia dzisiejszego.
Na chórze w tyle Bazyliki stały te organy do roku 1958. Był to instrument mechaniczny. Organista siedział tyłem do ołtarza na środku chóru i korzystał z lusterka, aby patrzeć na kościół.