Dalsze losy świątyni były mocno powikłane i burzliwe. Z jednej strony, cały czas należało troszczyć się o jej wyposażenie, zaprojektowanie i wykonanie ołtarzy, malowideł, rzeźb — słowem: wszystkich tych elementów, które składają się na niepowtarzalny wygląd i klimat tego pierwszego kościoła Kazimierza. Z drugiej zaś strony, budowli nie omijały kataklizmy dziejowe. W 1556 roku, wskutek wielkiego pożaru, spłonęła wieża z czterema dzwonami. Niedługo po jej odbudowaniu, w roku 1594, pożar strawił cały dach kościoła i organy. Bardzo dobrym czasem dla świątyni były z kolei lata 1612-1644, gdy prepozytem zakonu Kanoników był Marcin Kłoczyński. Właśnie wtedy powstał imponujący ołtarz główny, stalle kanonickie, mauzoleum św. Stanisława Kazimierczyka i kilka ołtarzy bocznych.

Dobry okres w dziejach kościoła przerwany został przez najazd szwedzki w 1655 roku. Chociaż urzędujący wówczas prepozyt Jacek Liberiusz zdołał wywieźć z Krakowa część skarbca klasztornego, nie mógł jednak opróżnić go całkowicie, by nie ryzykować w ten sposób życia zakonników. Mogliby oni paść ofiarą rozczarowanych brakiem łupu szwedzkich żołdaków. Większość więc dóbr, pozostawionych w klasztorze, padła ofiarą zachłanności najeźdźcy. Zrabowano i zniszczono cenne księgi, przechowywane w bibliotece. W pokojach prepozyta rezydował król Karol Gustaw, zaś w kościele Szwedzi urządzili magazyny i stajnie. Odbudowa zniszczeń, spowodowanych barbarzyńskim najazdem, rozpoczęła się po wyzwoleniu Krakowa w 1657 roku.

Pogarszająca się stopniowo sytuacja Rzeczpospolitej, ogólne ubożenie społeczeństwa, kasaty majątków zakonnych dały się odczuć także i w parafii Bożego Ciała. Z dużych inwestycji wymienić należy jeszcze fundację czterech ołtarzy bocznych i pięknej ambony (1740-45), położenie nowej posadzki, budowę chóru nad głównym wejściem czy wykonane nowych figur do tęczy (1763-1766). Jednak rozbiory Polski, a także konfiskata dóbr zakonnych na długo zatrzymała wszelkie poważniejsze prace przy klasztorze. Na domiar złego, w roku 1864, jako kara za aktywny udział kanoników w powstaniu styczniowym, wszystkie klasztory na terenie zaboru rosyjskiego zostały skasowane. Szczęśliwym natomiast i zaszczytnym zdarzeniem dla krakowskiej prepozytury było podniesienie jej do rangi opactwa, co miało miejsce w 1861 roku.

W miarę swoich możliwości, mimo trudności i przeszkód, opiekunowie kościoła starali się godnie wywiązywać ze swego zadania. W 1897 roku rozpoczęto renowację, trwającą — z przerwani — niemal 40 lat. Warto wspomnieć tu też o hucznych obchodach 500-lecia istnienia klasztoru, które odbyły się w roku 1905. Po odzyskaniu niepodległości prace przy odnowie kościoła zyskały na intensywności. Odnawiano ołtarze, kaplice, obrazy, Ogrójec, a także dach świątyni i zamakające fundamenty.

Trudnym dla kościoła czasem były lata rządów komunistycznych, przeciwnych wszelkim przejawom życia religijnego. W tym okresie, dużym wsparciem moralnym dla parafii była osoba ks. kard. Karola Wojtyły, który w 1969 roku w czasie Wielkiego Postu przeprowadził tu wizytację kanoniczną. Kardynał zażyczył sobie uczestniczyć w wizytach, składanych chorym w ich domach. Jak wspominała ówczesna parafialna opiekunka chorych, s. Irena Odoy: Wchodziliśmy do wszystkich domów, których adresy znałam, a szczególnie do biednych, opuszczonych, w podwórza, nie zawsze na taka wizytę przygotowane, w sutereny, na piętra i poddasza, wszędzie tam, gdzie znajdowali się chorzy obłożnie czy też tacy, którzy nie wychodzą poza teren swego mieszkania. Ksiądz Kardynał siadał bliziutko przy łóżku każdego chorego i rozmawiał z ojcowską dobrocią…

Od roku 1993 w kościele i klasztorze nieustannie trwają prace konserwatorskie. Odnowiono m.in. gotyckie witraże z XV w., kaplice i ich wystrój, odrestaurowano stalle kanonickie, przeprowadzono konserwację zachodniej fasady kościoła, oczyszczono część ścian zewnętrznych, a także uporządkowano i skatalogowano bibliotekę. 24 stycznia 2005 roku Ojciec Święty Jan Paweł II podniósł kościół Bożego Ciała do godności bazyliki mniejszej.