Najstarszy pomnik poświadczający powszechne przekonanie o nadzwyczajności obrazu i szczególny kult, o którym wiadomość przekazał nam w swoim traktacie ks. Jan Augustyn Biesiekierski pochodził z 1535 roku. Była to niewielka tablica wotywna za uzdrowienie ze śmiertelnej choroby złożoną przez nieznaną z imienia mieszczkę kazimierską. Modląc się przed tym obrazem także sam ks. Biesiekierski, opuszczony w poważnej chorobie przez czterech lekarzy, odzyskał zdrowie i mógł służyć Kościołowi jako kaznodzieja i profesor filozofii.

W pierwszej połowie XVII wieku zaczął cieszyć się jeszcze większym pobożnym uznaniem, a to w związku ze zdarzającymi się dość często nadzwyczajnymi uzdrowieniami po modlitwie przed nim. Dlatego w 1650 roku prepozyt klasztoru kanoników regularnych laterańskich ks. Jacek Liberiusz polecił zburzyć starą gotycką kaplicę, by w jej miejscu wznieść większą i okazalszą, właściwą renesansowym czasom. W 1653 roku kaplica była już gotowa, ale jej ozdabianie i wyposażanie ukończono dopiero w 1662 roku. Wówczas też za sprawą ks. Bernarda Stanisława Jarockiego, kustosza kościoła Bożego Ciała obraz został oddany do konserwacji, gdyż był, jak zapisał kronikarz klasztorny, „od dawności zbutwiały i robakami potoczony”, a następnie ozdobiony sukienką ze srebrnej i pozłacanej blachy. Konserwację obrazu przeprowadzili malarze krakowscy, także ozdobna sukienkę wykonali krakowscy złotnicy.

Teologia obrazu
Chrześcijańskie dzieła sztuki sakralnej, choć wykonane są zgodnie z zasadami sztuk pięknych i dostarczają czasem niewyrażalnych doznań estetycznych, to jednak ich głównym zadaniem jest rola narzędzia w procesie przepowiadania Ewangelii. One całą swoją istotą wewnętrzną oraz formą zewnętrzną tkwią w historii zbawienia i odkupienia i w ten sposób pomagają ludziom w głębszym rozumieniu tajemnic wiary, stanowią swoistego rodzaju ogniwo wiążące człowieka z Bogiem i Jego królestwem, które realizuje się w niebie i ziemi. Taką rolę w kościele Bożego Ciała kanoników regularnych laterańskich na krakowskim Kazimierzu spełniał między innymi osławiony łaskami obraz Madonny z Jabłuszkiem.

Maryja odegrała wyjątkową rolę w ekonomii Bożego planu zbawienia i odkupienia człowieka. Została wybrana na matkę Zbawiciela. W godzinie zwiastowania, zawierzając w pełni Bogu, wybór ten przyjęła i pozostała mu do końca wierna, co poświadcza Jej obecność pod krzyżem Syna na Kalwarii oraz obecność w Wieczerniku przy Apostołach oczekujących na zesłanie Ducha Świętego. Całkowite zawierzenie Bogu, służebne poddanie się Jego woli i działaniu, bezpośredni i ofiarny udział w dziele zbawczym Syna sprawiło, że stała się Współodkupicielką, a Syn w ostatnich słowach swojego Nowego Testamentu wypowiedzianych już z krzyża uczynił Ją Matką wszystkich odkupionych. Z tego też tytułu Maryja cieszy się w Królestwie Bożym miejscem uprzywilejowanym, jako Pośredniczka łask, a także wyniesieniem, jako Królowa nieba i ziemi. I tak ukazuje Maryję Jej łaskami słynący obraz w kościele Bożego Ciała, to znaczy, jako Bożą Rodzicielkę, Współodkupicielkę, Królową nieba i ziemi, Pośredniczę łask. Ona łączy w sobie tajemnice nieba i ziemi. Poprzez symbol jabłka trzymanego w prawej dłoni przypomina patrzącemu na Nią człowiekowi rzeczywistość grzechu, przyczynę wszelakiej niełaski. Natomiast podtrzymując lewą ręką obnażonego Chrystusa, owoc swojego dziewiczego łona a zarazem Syna Bożego, który przyjął ciało i stał się człowiekiem za sprawa Ducha Świętego, ukazuje źródło łaski, bez której zbawienie czyli święta komunia z Bogiem w Jego królestwie jest niemożliwe. Chrystus, obiecany Mesjasz, jest zarazem Barankiem Bożym, który gładzi grzech i wprowadza człowieka w świat łaski Bożej. Prawdę tę wyraża obnażone ciało Jezusa, a także czerwone grona winnej latorośli w Jego dłoni, które są symbolem przede wszystkim przelanej krwi, jako ceny odkupienia.

W obrazie Madonny z Jabłuszkiem mamy zatem pełny i przejrzysty wykład teologii odkupienia. Odkupienia dokonał Jezus Chrystus, Syn Boży a zarazem syn Maryi, przez ofiarę swego Ciała i Krwi. Wszak nie ma większej miłości nad tę, gdy ktoś życie oddaje za przyjaciół swoich. Odkupienie zaś miało się dokonać w akcie najwyższej miłości, gdyż Bóg jest Miłością. Natomiast Maryja jest tą, z której Syn Boży wziął ciało i krew, by dokonać dzieła odkupienia, czyli Współodkupicielką. Kiść winnego grona w ręce Chrystusa wskazuje nadto, że jest On wciąż obecny pośród swojego ludu w Eucharystii, pod postaciami Chleba i Wina. Dzieło odkupienia uobecnia się w tajemnicy sprawowania Eucharystii, przez tę tajemnicę dokonuje się też zbawienie. W Eucharystii Chrystus jest Emmanuelem, czyli Bogiem mieszkającym między ludźmi, który krwią swoją gładzi grzechy świata. Dzieło odkupienia zaczęło się realizować od tajemnicy Wcielenia Chrystusa, które dokonało się w godzinie Zwiastowania, natomiast dopełniło się w tajemnicy Jego męki i śmierci na drzewie krzyża, czyli wydaniem ciała i przelaniem krwi.