Biskup Gębicki zakazał jednak urządzania misterium, gdyż więcej miało w tym być spektaklu niż, prawdziwej pobożności. Nie jesteśmy w stanie powiedzieć od kiedy zaczęto urządzać misteria. Tradycja urządzania misterium wniebowstąpienia sięgała z pewnością pierwszej połowy XV wieku. Poświadcza na to znów odpowiednie zarządzenie opata Jodoka dla klasztoru we Wrocławiu. Do grupy misteriów należy zaliczyć także praktykę budowania grobu i żłóbka Chrystusa w kościele. Pierwsze informacje na ten temat pochodzą dopiero z drugiej połowy XVI wieku, jednak sama praktyka miała na pewno zdecydowanie starszą metrykę. Grób urządzano z wielką okazałością w kaplicy Matki Boskiej Loretańskiej. Pracowali przy nim przez kilka dni stolarze, cieśle i malarze. Nabożeństwo adoracyjne przy Grobie, które trwało w Wielki Piątek i w Wielką Sobotę gromadziło wszystkie stany parafii. Brali w nim czynny udział organista z kapelą, trębacze, chór szkolny, kantorzy, członkowie bractwa, ministranci. W Wielki Piątek kantorzy śpiewali przy Grobie Pasję. Zakrystian odnotował, że w związku z adoracją Grobu młodsi śpiewacy otrzymywali obwarzanki i miód, starsi natomiast na piwo i gorzałkę.
Obok kultu Bożego Ciała istniał w parafii i jej świątyni także kult maryjny. Z zachowanych ksiąg miejskich nie wynika co prawda, aby w XIV wieku kościół miał ołtarz dedykowany wyłącznie Matce Bożej, ale nie jest wykluczone, że wśród wielu obrazów ufundowanych w 1387 roku był przynajmniej jeden o treści maryjnej. Nie mamy też specjalnych informacji na temat form pobożności maryjnej w parafii, poza wzmiankami o obchodach czterech głównych świąt, a mianowicie Oczyszczenia, Zwiastowania, Wniebowzięcia i Narodzenia Najświętszej Maryi Panny. Poza obchodem tych głównych świąt istniała w parafii także praktyka maryjnych mszy świętych wotywnych w adwencie, znana w Polsce już w wiekach poprzednich. Rozwój kultu maryjnego w parafii należy łączyć przede wszystkim z działalnością kanoników regularnych. Maryjność bowiem należała do istotnych elementów ich duchowości zakonnej.

W XV wieku kult Matki Bożej przy kościele Bożego Ciała skupiał się w dwóch kaplicach: Wniebowzięcia, wzniesionej w latach 1408-1410 przez prepozyta Konrada, i Loretańskiej, urządzonej ok. 1470 roku w przyziemiu wieży kościelnej przez prepozyta Jakuba. Codziennym wyrazem pobożności maryjnej były Godzinki śpiewane rano, antyfona Salve Regina śpiewana po nieszporach z udziałem scholarów, antyfona Gaude Dei Genetrix śpiewana w kościele codziennie „in Summa Missa”, oraz recytacja Ave Maria przed każdą godziną oficjum brewiarzowego. Wprowadzenie zwyczaju codziennego śpiewania w kościele Godzinek, antyfony Salve Regina oraz rozpoczynanie godzin brewiarzowych od recytacji Ave Maria łączono w tradycji klasztornej z osobą prepozyta Jana Austriaka, natomiast antyfonę Gaude Dei Genetrix trzeba łączyć z fundacją rady miasta, o której jest mowa w księgach miejskich pod rokiem 1483. Dniem liturgicznie zagwarantowanym dla oficjum ku czci Matki Bożej była sobota. Większość mszy świętych odprawiano tego dnia w kaplicy Wniebowzięcia, gdzie znajdował się obraz Matki Bożej przywieziony przez kanoników z Kłodzka i uznawany za łaskami słynący. Z pism pozostawionych przez J.A. Biesiekierskiego i S. Ranatowicza wiemy, że ołtarz i ściany kaplicy ozdabiały liczne wota, które były świadectwem wiary i pobożności maryjnej wielu pokoleń. W kaplicy Wniebowzięcia odprawiano również msze święte roratnie w adwencie, które musiały cieszyć się dużą frekwencją wiernych, skoro muzykę wykonywał nie tylko organista, ale także kapela i wokaliści. W 1434 roku prepozyt Grzegorz Polak zakupił od prepozyta roudnickiego Macieja inny obraz Matki Bożej, który już w Roudnicach otoczono kultem. Obraz ten otrzymał w Krakowie relikwiarzową oprawę, był przechowywany w skarbcu wśród najcenniejszych relikwii kościoła, a do publicznej adoracji wystawiano go jedynie w główne święta maryjne; ze skarbca był wynoszony zawsze w uroczystej procesji pod przewodnictwem samego prepozyta.