W trosce o rozwój pobożności maryjnej kanonicy regularni postarali się o odpusty papieskie i biskupie na obchodzone w kościele Bożego Ciała święta Matki Bożej. W archiwum klasztornym zachowały się dwie bulle z odpustami papieskimi i jeden dokument z odpustami biskupimi. Bulle papieskie są datowane 26.VI.1470 roku oraz 1.X.1496 roku. Wiernym, którzy „a primis Vesperis usque ad secundas Vesperas” uczestniczyli we mszy świętej i w innych nabożeństwach odprawianych w kościele Bożego Ciała w uroczystość Oczyszczenia, Zwiastowania, Wniebowzięcia i Narodzenia Matki Bożej, papieże Paweł II i Aleksander VI udzielili 100 dni odpustu. Dokument biskupi jest datowany 10.I.1455 roku, a wystawił go kard. Zbigniew Oleśnicki. Dokument ten obok czterech świąt już wspomnianych, wymienia także święto Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Starania o odpusty papieskie i biskupie sugerują, że święta maryjne były obchodzone w parafii z dużą okazałością zewnętrzną i przy powszechnym udziale wiernych.
O rozwijającej się w XV wieku pobożności maryjnej w kościele Bożego Ciała świadczą nadto fundacje Piotra Wolframa oraz Piotra i Jana Szafrańców; z fundacji Wolframa odprawiano każdego tygodnia mszę świętą śpiewaną przed obrazem Matki Bożej w kaplicy Zwiastowania, natomiast z fundacji Szafrańców stanął w 1418 roku ołtarz Matki Boskiej w prezbiterium kościoła. Nie może w końcu ujść uwagi, że istniejące tu od 1347 roku bractwo Bożego Ciała po 1410 roku otrzymało dodatkowo tytuł Najświętszej Maryi Panny. Fakt ten jest również doskonałym świadectwem rozwijającego się w parafii kultu maryjnego. Źródła z drugiej połowy XVI wieku informują o udziale wokalistów, trębaczy i kapeli we mszach odprawianych w kościele w główne święta maryjne, a także o procesjach w uroczystość Wniebowzięcia do Kościoła Mariackiego i w święto Matki Boskiej Szkaplerznej do kościoła karmelitów na Piasku.
Jeśli chodzi o świętych, to możemy powiedzieć, że w XIV wieku szczególnym kultem byli otaczani w parafii Bożego Ciała apostołowie Piotr i Paweł oraz święci Stanisław i Florian. Kanonicy regularni przynieśli ze sobą kult św. Augustyna, św. Marii Magdaleny, św. Walentego i św. Urszuli. Wspomnienia tych świętych obchodzili zawsze uroczyście z wystawieniem ich relikwii na ołtarzu. Święto św. Augustyna było niemal drugą uroczystością odpustową, w czasie mszy grała kapela, występowali trębacze, śpiewał chór i wokaliści. Kanonikom należy również przypisać rozwój kultu św. Wawrzyńca. Wspomniano już, że kościół św. Wawrzyńca, inkorporowany do parafii Bożego Ciała w 1439 roku, miał jakiś związek z Uniwersytetem Krakowskim. Uroczystości odpustowe ku czci Świętego, odprawiane 10 sierpnia i przez całą oktawę, ściągały na Kazimierz jeszcze w XVII wieku całą społeczność uniwersytecką. Kazania w czasie uroczystości odpustowych głosili zazwyczaj profesorowie. W styczniu 1455 roku kanonicy wystarali się u kard. Oleśnickiego o specjalne odpusty dla wiernych, którzy uczestniczyli w nabożeństwach odprawianych w tymże kościele, liturgię zaś sprawowano tu, oprócz dni odpustowych, trzy razy w tygodniu (w niedzielę, środę, piątek) oraz w uroczystość Bożego Narodzenia, Obrzezania Chrystusa, Trzech Króli, Wielkanocy, Wniebowstąpienia, Zielonych Świątek, Trójcy Świętej i Bożego Ciała. Z biografii Stanisława Kazimierczyka wiemy, że w parafii rozwinięty był kult św. Stanisława.