Kult Bożego Ciała rozwijał się Kościele od przełomu XI i XII wieku na podłożu adoracyjnego kierunku pobożności eucharystycznej. Objawienia Julianny de Cornillon, które miały miejsce w Liege (Belgia) w 1209 roku, były bezpośrednią przyczyną dla której ustanowiono specjalne święto Bożego Ciała w 1246 roku dla diecezji Liege, a w 1264 roku dla całego Kościoła. W Polsce, jako pierwszy, święto Bożego Ciała (De veneratione Corporis Christi) wprowadził w 1320 roku w diecezji krakowskiej biskup Nanker. Nowe święto i jego oktawa przyjęły się wśród wiernych bardzo szybko. Królowa Jadwiga z okazji święta i procesji Bożego Ciała uwalniała nawet skazańców.
Na Kazimierzu kult Bożego Ciała wrastał w świadomość ludzi wspomagany dodatkowo legendą o znalezieniu w tutejszym bagnie Mathe monstrancji z Najświętszym Sakramentem, wykradzionej przez złodziei z kościoła franciszkanów w Krakowie. Legenda przekazywana z pokolenia na pokolenie, a nie jest wykluczone, że była także rozwijana w kazaniach, łączyła wydarzenie z fundacją miasta i parafii, co miało ogromne znaczenie propagandowe, a kościołowi nadawało w miarę upływu czasu charakteru sanktuarium. Według badań przeprowadzonych przez Z. Palusa, już w pierwszej połowie XV wieku kościół Bożego Ciała w świadomości mieszczan Kazimierza i Krakowa uważany był powszechnie za sanktuarium.

Przekaz Jana Długosza pozwala nam domyślać się, że już w połowie XIV wieku urządzano na Kazimierzu odpusty Bożego Ciała z wielką oprawą zewnętrzną, procesjami oraz udziałem populacji obu miast. Długoszowy przekaz znajduje potwierdzenie w bulli z 14.IV.1347 roku papieża Klemensa VI z odpustami dla bractwa działającego przy kościele, mówi on bowiem nie tylko o odpuście 40 dni dla jego członków na święto Bożego Ciała, ale także dla pielgrzymujących do tego kościoła. Ponadto dokument, wśród obowiązków brackich, wymienił uroczyste odprowadzanie kapłana niosącego wiatyk chorym, czyli procesję. O procesji „extra civitatem Cracoviensem ad Kazimiriam” mówi też dokument z odpustami dla bractwa przy kościele Mariackim, wystawiony w 1384 roku przez kard. Demetriusza, legata papieskiego. Przypomnieć w tym miejscu trzeba również wykaz naczyń i sprzętu liturgicznego, którymi dysponował kościół Bożego Ciała w 1399 roku. Były tu dwie monstrancje i cztery chorągwie, a więc sprzęt używany podczas procesji z Najświętszym Sakramentem.

Na rozwój kultu Bożego Ciała, a więc nabożeństw i procesji eucharystycznych w parafii Bożego Ciała zaważyły ogromnie bulle papieży i soborów, o które starali się już kanonicy regularni, a zwłaszcza prepozyt Grzegorz Polak. Odpusty papieskie bowiem zawsze przysparzały popularności poszczególnym praktykom religijnym. Bulla z odpustami papieża Marcina V nosi datę 26 maja 1429 roku; widymował ją w Krakowie 18 czerwca następnego roku Andrzej Myszka, wikariusz generalny biskupa Zbigniewa Oleśnickiego. Bulla papieża Eugeniusza IV, została wystawiona w 1434 roku; o jej widymacji w Krakowie brak jest informacji. Dnia 15 maja 1439 roku bullę z odpustami dla uczestników nabożeństw eucharystycznych odprawianych w kościele Bożego Ciała wystawił także sobór bazylejski. W chwili udzielania odpustów sobór ten był już schizmatycki, nie przeszkadzało to jednak kanonikom regularnym, aby promując kult eucharystyczny w swojej parafii podpierać się jego autorytetem jeszcze w XVI wieku, o czym świadczą noty na odwrocie dokumentu.