W XV wieku uroczystości odpustowe w kościele Bożego Ciała były już tak rozwinięte i popularne, że nie tylko w samo święto, ale i w oktawie ściągały tu procesje ze wszystkich kościołów krakowskich, również z katedry. Przebieg uroczystości odpustowych w pierwszej połowie XV wieku przybliża nam ceremoniał obchodów uroczystości Bożego Ciała w opactwie wrocławskich kanoników regularnych, opracowany ok. 1430 roku przez opata Jodoka. Stosownie do zarządzeń ceremoniału w samo święto i przez oktawę dwa razy dziennie, rano i po południu, miały się odbywać uroczyste procesje z Najświętszym Sakramentem na zewnątrz kościoła. Nie ulega wątpliwości, że Jodok przeniósł na grunt wrocławski zwyczaj krakowski, który miał okazję poznać osobiście, odbywając studia na Akademii w latach 1416-1424 i mieszkając u kanoników na Kazimierzu. Mszał krakowski z 1509 roku przyjmuje praktykę odpustowych procesji eucharystycznych z kościołów krakowskich i katedry do kościoła Bożego Ciała, jako istniejący i zakorzeniony już zwyczaj. Procesja z katedry wawelskiej na Kazimierz wyruszała w czwartek na zakończenie oktawy, zazwyczaj przewodniczył jej sam biskup albo jego sufragan. Po przybyciu do kościoła Bożego Ciała celebrans intonował antyfonę O sacrum convivium, następnieśpiewał werset Panem de coeli dedit nobis i modlitwę Deus qui nobis sub Sacramento. Po modlitwie, jeśli był obecny biskup, udzielał błogosławieństwa Najświętszym Sakramentem. Po błogosławieństwie, celebrans zwrócony z monstrancją do wiernych, intonował wersety sekwencji mszalnej: Ecce panis Angelorum, In figuris praesignatur, Bone pastor, Panis vere. Po odśpiewaniu tych sekwencji przez duchownych, celebrans intonował responsorium Immolabit haedum i procesja wracała do katedry. W 1518 roku praktykę urządzania procesji eucharystycznych w oktawie uroczystości Bożego Ciała z kościołów krakowskich na Kazimierz zatwierdził uroczyście papież Leon X.
W atmosferę nabożeństw i procesji eucharystycznych w XVI wieku urządzanych w parafii w okresie odpustu i jego oktawy wprowadzają nas regestry wydatków miejskich. Wykaz pieniędzy użytych przez władze miasta w czasie procesji głównej i w oktawie w 1571 roku przedstawiał się następująco: „Na processyą Bożego Ciała za 14 świec Panom Rajcom 2 fl. 20 gr.; Strzelcom za piwo, którzy strzelali w oktawę Bożego Ciała; Chłopcom co się ubierali we zbroję miejską w oktawie Bożego Ciała 2 gr.; Doboszowi co walił w bębny miedziane 2 gr.; Grajkom co grali w oktawę Bożego Ciała 1 fl.; Za proch do strzelania z dział 1 fl 3 gr.; Puszkarskim pomocnikom 3 gr.; Za kamień prochu do strzelania z rusznic 15 gr”. Z regestru wynika, że w XVI wieku starano się o zewnętrzny przepych procesji. Położenie akcentu w procesji na wystawność zewnętrzną, było w XVI wieku jednym ze sposobów oddziaływania na prądy reformacji, gdyż atmosfera i bogactwo zewnętrzne procesji oddziaływały na psychikę ludzi w nich uczestniczących, owocując głębią przeżyć religijnych.
W 1596 roku odbyły się wizytacje biskupie w parafiach na Kazimierzu. Z dekretów powizytacyjnych wiadomo, że duchowieństwo diecezjalne i zakonne oraz wierni trzech kościołów kazimierskich, tj. św. Jakuba, św. Stanisława na Skałce i św. Katarzyny w uroczystość Bożego Ciała dołączali się z krzyżem i świętymi relikwiami do procesji, która wyruszała z kościoła Bożego Ciała i szła dookoła miasta. W czasie procesji, przy trzech ołtarzach śpiewano Ewangelię.
Poza uroczystościami odpustowymi, charakterystyczną formą pobożności praktykowaną w kościele Bożego Ciała były eucharystyczne nabożeństwa czwartkowe. Składała się na nie msza wotywna „de Corpore Christi”, odprawiana przy głównym ołtarzu oraz procesja dookoła kościoła. Historia tych nabożeństw sięga prawdopodobnie końca XIV wieku, ale ich rozwój przypada na początek wieku XV. W każdym razie wspomina o nich bulla papieża Marcina V z 1429 roku. Nabożeństwa czwartkowe wiązały jednak głównie członków bractwa.