W latach dwudziestych XVI stulecia aglomerację krakowską objęły prądy reformacyjne. Mistrz Jakub z Iłży, korzystając z urzędu kaznodziei w kościele św. Szczepana, podjął propagandę nowej wiary wśród szerokich rzesz krakowian. W ślad za Lutrem odrzucał w swoich wystąpieniach kult Matki Bożej, pośrednictwo świętych, naukę o czyśćcu, negował posty, odpusty, atakował hierarchię kościelną, wytykał zmaterializowanie kleru. Ruch zapoczątkowany wystąpieniami Jakuba z Iłży, spotęgowany silnymi tarciami narodowościowymi, ogarnął po 1535 roku całe miasto. W sferach klerykalnych chodziły słuchy, że niektórzy mieszczanie urządzają sami nabożeństwa, nie brakło wystąpień przeciw kultowi świętych, katolickim obrzędom.
O głębokim roznamiętnieniu reformacyjnym świadczyły liczne polemiki w ulotnych pisemkach, plakatach przybijanych na budynkach uniwersyteckich i bramach kościelnych. Protestantyzm znalazł też zwolenników na Kazimierzu. W 1559 roku sąd miejski, na wniosek ks. Gaspara, zakrystiana kościoła Bożego Ciała, rozpatrywał wniosek przeciw Walentemu Krawcowi o bluźnierstwo i znieważenie Najświętszego Sakramentu. W kronice Ranatowicza znajdujemy wzmiankę o publicznym znieważaniu obrazu Matki Bożej przez jednego z mieszkańców miasta. Nie jest wykluczone, że z wpływem ducha reformacji należy łączyć również zaniechanie przez radę miasta świadczeń na rzecz kościoła parafialnego wynikających z legatów z 1372 i 1460 roku. Protestantyzm na Kazimierzu miał swojego promotora w Janie Bonerze, wielkorządcy krakowskim, który wykorzystując swoje stanowisko usiłował wprowadzić do władz miejskich rajców innowierców, m.in. Matysa Sulikowskiego i Oleksa Rabkę, ochrzczonego Żyda. Ostry sprzeciw rady kazimierskiej spowodował interwencję króla Zygmunta Augusta, który pismem z 24.VIII.1558 roku nakazał usunięcie Sulikowskiego z urzędu. Boner jednak nie spieszył się z wykonaniem mandatu monarszego. W końcu sam król usunął Sulikowskiego z urzędu jako zwolennika nowinek i bluźniercę, a Bonerowi przykazał wybierać rajców urzędujących tylko spośród tzw. starej rady. Sprawa ta żywo obeszła obywateli kazimierskich. Po śmierci Bonera rada miasta wystarała się nawet o przywilej zabraniający wyboru nowych rajców spośród heretyków i wychrztów. Można przypuszczać, że stanowisko rady, obrona miasta przed wpływami reformacji były także owocem przekonań i stanowiska klasztoru.
W 1596 roku zwizytował parafię i klasztor kard. Radziwiłł. W zaleceniach odniósł się do kilku spraw w mieście, które z punku widzenia duszpasterstwa stanowiły problem, a mianowicie: praca i uprawianie handlu w dni świąteczne, nadmierne pijaństwo, upadek obyczajów rodzinnych, brak dostatecznej znajomości prawd wiary, zaniedbywanie niektórych praktyk religijnych, znieczulica społeczna. Apelował więc kardynał do rady miasta o odpowiednie zarządzenia w sprawie poszanowania dni świątecznych w mieście, zdecydowane ograniczenia w handlu alkoholem oraz większe zainteresowanie ubogimi i chorymi. Rodzinom przypomniał o obowiązku religijnego wychowania dzieci i o potrzebie codziennej modlitwy w domach. Kanonikom regularnym natomiast jako duszpasterzom, obok zaleceń dostosowania duszpasterstwa liturgiczno-sakramentalnego do wskazań soboru trydenckiego, zabronił udzielania ślubów w godzinach południowych, gdyż w tym czasie „plerumque homines ebrii esse solent”; dla uniknięcia pijaństwa i obecności ludzi pijanych w kościele śluby miały się odbywać odtąd w godzinach porannych.