Po przejęciu parafii przez zgromadzenie bezpośrednia odpowiedzialność za jej funkcjonowanie spoczęła na prepozycie klasztoru, jego obowiązki i prawa określił dokument z 16 maja 1405 roku biskupa krakowskiego Piotra Wysza. Prepozyci, z wyjątkiem Konrada Alemana, cedowali jednak troskę o parafię i kwestie związane z duszpasterstwem na zakrystianów. Było to zresztą przewidziane przez prawodawstwo klasztorne, jeden z rozdziałów konstytucji był poświęcony urzędowi zakrystiana nazywanego też kustoszem kościoła. Zakrystian, przypomnijmy jeszcze raz, miał dbać o kościół i jego czystość, czuwać nad zegarem, dzwonami, porządkiem nabożeństw, troszczyć się o szaty, naczynia i księgi liturgiczne, które przechowywano w skarbcu pod zamknięciem, prowadzić kościelną księgę przychodów i rozchodów, czuwać, aby msze fundacyjne były odprawiane zgodnie z wolą fundatorów; od 1578 roku zakrystian prowadził też księgę metrykalną chrztów. W zachowanych dokumentach do końca XVI wieku występują następujący zakrystianie ks. Mikołaj Steynar (1425-1430), ks. Mikołaj Lubschicz (po 1430), ks. Mikołaj Lammel (+ 1457), ks. Jakub (1482), ks. Stanisław (+1500), ks. Jakub (1507), ks. Jan (+1512), ks. Marcin (1518), ks. Albert (1523), ks. Marcin (+1535), ks. Benedykt z Kleparza (1542), ks. Gaspar (+1563) ks. Stanisław Świeboda (+1578), ks. Paweł Łyczko (1578), ks. Bartłomiej Oprzeszowski (1597). Zakrystianie musieli mieć więcej pracy niż inni funkcjonariusze klasztorni, bo źródła informują stosunkowo często o ich zastępcach. Odpowiedzialność za kościół i parafię, liturgię i różne formy duszpasterstwa, dzielili z zakrystianami witrycy, wybierani spośród rajców miejskich, organiści, dzwonnicy, a także kantorzy i rektorzy szkoły parafialnej.

Nabożeństwa parafialne i formy pobożności
Do istotnych zadań zgromadzenia kanoników regularnych należało duszpasterstwo parafialne. Mówiły o tym konstytucje, a jeszcze szerzej rozpisywały się na ten temat traktaty Piotra Clarety Collectio super statuta oraz Formula novitiorum, na których wychowywały się wszystkie pokolenia zakonników do końca XVI wieku. Troska o dusze, gorliwość apostolska miały być owocem życia wewnętrznego. Życie wewnętrzne określał Clareta za św. Augustynem jako caritas Dei, a caritas diffusiva est, stąd w charyzmacie kanonika regularnego apostolat, czyli cura animarum albo miłość bliźniego.

Duszpasterstwo wyrażało się najpierw w liturgii sprawowanej codziennie w kościele, w nabożeństwach niedzielnych i świątecznych. Podstawą nabożeństw było officium divinum, czyli chórowy śpiew brewiarza, oraz msza święta. Officium divinum rozłożone było na całą dobę (diurnum et nocturnum). Praktykę tę utrzymał klasztor przez cały XV wiek. Pochwalał za to kanoników mistrz Jan Długosz. Ale słowa pochwały i powszechnego uznania dla pobożności zgromadzenia i sprawowanego w kościele kultu publicznego odnaleźć można także w dokumentach fundacji klasztorów w Kłobucku (1454), w Kraśniku (1468), w Kurozwękach (1487) oraz w przywilejach królów Jana Olbrachta (1500) i Zygmunta Starego (1518). W XVI wieku dochodziło chwilami do zaniechania praktyki śpiewania oficjum w godzinach nocnych. Wizytacje biskupie w 1522 oraz w 1596 roku nakazywały więc prepozytom i zgromadzeniu powrót do starożytnej tradycji, szczególnie wymagającym pod tym względem był kard. Radziwiłł w 1596 roku.