Z kultem Bożego Ciała łączono kult Chrystusa cierpiącego. Najstarsze zachowane świadectwo w tej materii pochodzi z pierwszego ćwierćwiecza XV wieku, a jest nim schemat ikonograficzny pieczęci kapitulnej zgromadzenia, przedstawiający Męża Boleści obnażonego, z kielichem u stóp do którego spływa krew z otwartego boku. Wyrazem tego kultu była także kompozycja nastawy ołtarza głównego rozebranego w 1634 roku, której dokładny opis zostawił nam w swojej kronice Ranatowicz, a do której bez wątpienia nawiązywał schemat pieczęci kapitulnej.

Średniowiecze spojrzało na Eucharystię poprzez ofiarę Chrystusa, a więc Jego krzyż, mękę, rany i śmierć. Przyzwyczajonemu do konkretu człowiekowi średniowiecza nie wystarczył jednak ogólny opis cierpień Zbawiciela. Pragnął on wniknąć we wszystkie odmiany Jego boleści, zagłębić się w jego ranach, policzyć najdrobniejsze krople krwi wylanej dla zbawienia świata. W ten sposób obok nurtu adoracyjnego w pobożności eucharystycznej pojawił się nurt pasyjny, pełny współczucia a także motywów skruchy, żalu i pokuty za grzechy. Na rozwój tego kierunku pobożności mieli nie mały wpływ mistycy średniowieczni, a zwłaszcza św. Mechtylda i św. Gertruda. Nurt pasyjny w pobożności bliski był także przedstawicielom ruchu „devotionis modernae”, który tworzyli m.in. kanonicy regularni.
Wśród wielu form kultu Chrystusa cierpiącego w kościele Bożego Ciała było nabożeństwo do Jego męki, zwłaszcza zaś do Jego ran. Wspominają o tym biografowie Stanisława Kazimierczyka. W piątki odprawiano przy głównym ołtarzu wotywę „de Quinque Vulneribus Christi”, wiążąc z nią nadzieje wielkich dobrodziejstw zarówno dla żywych, jak i dla umarłych. Mszał krakowski biskupa Tomickiego z 1532 roku, którym posługiwali się również kanonicy, pouczał wprost, że kto tę mszę odprawi albo zamówi otrzyma 500 dni odpustu i odpuszczenie trzeciej części własnych grzechów, odwrócenie choroby i utrapienia, albo uwolnienie duszy jednego zmarłego z czyśćca. W zachowanych adnotacjach zakrystiana z drugiej połowy XVI wieku mamy również mowę o wotywie „de Passione Domini”. Do tajemnicy Bożego Ciała umęczonego dla zbawienia człowieka odnosiło się nadto tzw. Theatrum Passionis, czyli zespół figur przedstawiający Jezusa na drodze krzyżowej, ustawiony we wschodnim narożu północnej nawy. Pobożność pasyjna musiała jednak rozwijać się przede wszystkim wśród członków bractwa Najświętszego Sakramentu, o czym świadczy fakt, że na początku XVII wieku do jego nazwy włączono wzmiankę o Pięciu Ranach Pana Jezusa.

Tajemnicę Bożego Ciała przybliżały wiernym nie tylko nabożeństwa, obrazy i ołtarze. Temu służyły również misteria wystawiane przez scholarów szkoły przyklasztornej. W materiałach historycznych udało się natrafić jedynie na informacje o misterium wniebowstąpienia Chrystusa, ale nie ulega wątpliwości, że misteria urządzano także w wielkim poście i na uroczystości odpustowe. Misterium wniebowstąpienia miało charakter inscenizacyjno-deklamacyjny. W przeddzień uroczystości ustawiano w prezbiterium kościoła na specjalnym podeście ozdobionym girlandami kwiatów, zielenią i światłami figurę Zmartwychwstałego, którą nazajutrz, po deklamacjach i kazaniu, przy śpiewie pieśni wciągano przez otwór w sklepieniu na strych świątyni. Misterium przyciągało tłumy ludzi, nawet z pobliskich wsi, którzy wiwatowali na widok Jezusa wstępującego do nieba.