Obok tych form zwyczajnej dobroczynności wyrażającej się w nakarmieniu głodnych i udzieleniu jałmużny, zgromadzenie w XV wieku próbowało także sztuki szpitalnictwa i lecznictwa. Fragmentaryczność źródeł nie pozwala jednak na dokładne zobrazowanie tej dziedziny duszpasterstwa. Fakt, że w sierpniu 1407 roku biskup Piotr Wysz przekazał kanonikom swoją kamienicę z przeznaczeniem na infirmerię nasuwa myśl, że plan posługi chorym w szerszym zakresie powstał wraz z fundacją klasztoru. Kanonicy regularni mieli niewielki szpital przy klasztorze w Kłodzku, nie trudno się zatem domyślić, że kłodzkie struktury chcieli przenieść na Kazimierz. Dokument Władysława Jagiełły z 1426 roku wskazuje jednoznacznie, że infirmeria funkcjonowała w kamienicy Wysza, czyli praktycznie poza klasztorem. To zaś pozwala przypuszczać, że była ona przeznaczona nie tyle dla samych zakonników, ile dla miasta.

Stefan Ranatowicz opisując rządy Grzegorza Polaka (+1439) odnotował, że prepozyt wzniósł południowe skrzydło klasztoru, w którym urządził bibliotekę oraz infirmerię. Ponownie występuję więc biblioteka i infirmeria poza formalną klauzurą. Nie jest to bez znaczenia, bowiem konstytucje jednoznacznie zabraniały obcym wstępu na teren klauzury. Kanonicy natomiast przy bibliotece prowadzili skryptorium, w którym zatrudniali kopistów spoza zgromadzenia i z którego, jak wiadomo, korzystało wielu profesorów Uniwersytetu Krakowskiego.

Usytuowanie biblioteki poza klauzurą miało zatem na celu umożliwienie dostępu do niej osobom świeckim, bez naruszania normatywy konstytucji zakonnych. Podobnie można myśleć o infirmerii. Jej usytuowanie poza formalną klauzurą pozwala przypuszczać, że dostęp do niej mieli także chorzy z terenu miasta. Z opisu kronikarza, a także wizytacji Radziwiłła wynika, że infirmeria urządzona przez prepozyta Grzegorza sąsiadowała z biblioteką (infirmaria penes librariam). Przebudowa tej części klasztoru w XVII, a później w XIX wieku, nie pozwala dzisiaj na dokładne zlokalizowanie infirmerii. Wydaje się jednak, że chodziło nie o wschodnią część dzisiejszej biblioteki, jak to się najczęściej sugeruje, ale o parterową część budynku, czyli jedno z pomieszczeń znajdujące się dokładnie pod biblioteką. Pomieszczenie nie było zatem wielkie, mogło mieścić najwyżej 10 łóżek.

Przy infirmerii działała apteka. Jej istnienie potwierdza nekrolog klasztorny, w którym pod rokiem 1478 odnotowano śmierć ks. Mikołaja z Lublina, profesa zgromadzenia i aptekarza. Kiedy ją otwarto i z czyjej inicjatywy trudno powiedzieć. Nie jest wykluczone, że była dziełem samego ks. Mikołaja. Z adnotacji pozostawionych przez K. Łoniewskiego wiadomo, że Mikołaj nie tylko obsługiwał aptekę, ale sam preparował medicinalia i rozdawał je chorym. Nie ulega zatem wątpliwości, że Mikołaj miał ukończoną medycynę. W ramach prowadzonej ostatnio szczegółowej kwerendy w zbiorze inkunabułów biblioteki klasztornej, w egzemplarzu De proprietatibus rerum Bartłomieja Angelica, wydanym w Kolonii w 1472 roku, odnaleziono wszyty rękopis, liczący 7 kart, pisany w formie listów ze wskazówkami na temat leczenia chorób wewnętrznych, m.in. przeziębień, kamieni nerkowych i żółciowych. Możliwe, że rękopis ten jest pozostałością po działalności ks. Mikołaja. W tekście został przywołany Bernard Hesse, co wskazywałoby, że autor był jego uczniem.
Nie wiadomo niestety kto był następcą ks. Mikołaja z Lublina. Infirmeria i apteka po jego śmierci na pewno funkcjonowały, co potwierdzają najstarsze biografie Kazimierczyka, a także księgi zachowane w archiwum klasztornym. Pierwsza z nich, to podręcznik medycyny Regimen sanitatis salernitanum Arnolda de Villa Nova, wydany w 1480 roku. Druga, to Herbarius, wydany w 1486 roku w Padwie, z opisem medycznym 150 ziół. Nazwy ziół podane są w języku łacińskim i niemieckim, zaś ich opis oraz wskazówki w jakich schorzeniach i jak należy je stosować, wyłącznie w języku łacińskim. Znaczenie tego herbarza dla nas leży jednak w tym, że posiada on również odręcznie wpisane polskie nazwy ziół oraz liczne glosy na marginesach poszczególnych stron. Z tyłu książki umieszczono skorowidz ziół, a także alfabetyczny wykaz najczęściej spotykanych schorzeń. Wszystko to sugeruje, że książka była używana na co dzień, zaś analiza językowa odręcznych adnotacji wskazuje, że zostały one poczynione pod koniec XV wieku.