Przewodnictwo brackim kongregacjom generalnym było zarezerwowane prepozytowi klasztoru, jako głównemu protektorowi konfraterni.
Na aktywność bractwa i jego popularność, przynajmniej do soboru trydenckiego, wpływały znacznie odpusty. Stanowiły one szczególną legitymację brackiej religijności w życiu publicznym, wyznacznik jego znaczenia w wymiarze eschatologicznym. Bractwo przy kościele Bożego Ciała, obok wymienionego już dokumentu kurii papieskiej z 1347 roku, posiadało jeszcze cztery inne dyplomy indulgencyjne, a mianowicie papieża Pawła II z 1470 roku, kard. Marka, legata apostolskiego, z 1472 roku, papieża Aleksandra VI z 1496 roku oraz papieża Leona X z 1518 roku. O dyplomy starali się w Rzymie kanonicy regularni, jedynie kard. Marek wystawił dokument w Krakowie na prośbę samych starszych bractwa.
Infirmeria, apteka, troska o chorych i ubogich.
Wśród dzieł duszpasterskich kanoników regularnych poczesne miejsce zajmowała troska o chorych i ubogich. Stefan Ranatowicz, opisując życie zgromadzenia w okresie rządów pierwszego prepozyta, wspomniał, że jego inicjatywą było utrzymywanie w klasztorze ubogiego duchownego, którego nazywano Jezusem. Obecność ubogiego, rozpoczynanie posiłków od przydzielenia porcji najpierw jemu, miała zakonnikom przypominać o cnocie ubóstwa i powołaniu do służenia Bogu mieszkającemu w człowieku, zwłaszcza ubogim, a także, że praktyka uczynków miłosierdzia jest nie tylko zewnętrznym wyrazem wewnętrznej doskonałości ewangelicznej indywidualnej i wspólnotowej, ale i drogą prostą do komunii z Bogiem. W nekrologu odnotowano imiona kilku takich duchownych, m.in. Bernarda Arger, Jakuba, Andrzeja i Jana z Chęcin. Po roku 1542 nie znajdujemy już w nekrologu zmarłych określanych mianem Jezus.
Ale w klasztorze pomoc znajdowali nie tylko zubożali duchowni, zgromadzenie obejmowało dziełami miłosierdzia również mieszkańców parafii i miasta. Krzysztof Łoniewski w biografii Stanisława Kazimierczyka napisał, że ubogim „nigdy furta w domu tym zawierana nie była”, a zakonnikom, stosownie do starożytnego obyczaju, jeszcze na początku XVII wieku przytaczano na zakończenie modlitw przed rozpoczęciem posiłku zdanie z ewangelii: „Bóg jest miłością i kto trwa w miłości ten trwa w Bogu” z tą intencją, „aby o ubogich za drzwiami z oney miłości wiedzieli y sobie ujmowali obiadu”. Praktykę wydzielania ze spiżarni i kuchni klasztornej porcji dla scholarów i ubogich (pauperes) potwierdza wizytacja Radziwiłła z 1596 roku.
Warto w tym kontekście zaznaczyć, że przez Kazimierz i Kraków przetaczały się w XV i XVI wieku różne nieszczęścia. W 1458 roku nawiedziła Kazimierz wielka powódź, gwałtowne wiatry i deszcze wyrządziły ogromne szkody, stąd żywność bardzo podrożała. W 1467 roku spłonął cały pobliski Stradom, a wkrótce potem 100 budynków w Krakowie. Rok później przez całą Polskę przeszła straszna zaraza; rozmnożyły się myszy, które niszczyły zboża i spichlerze, przez co podniosły się bardzo ceny żywności. W 1473 roku ponownie spalił się cały Stradom, zaś w lipcu 1475 roku spadły ogromne deszcze, Wisła wylała i zalała Kazimierz i Stradom; woda sięgała aż do wysokości mens ołtarzowych w kościele. W 1482 roku panowało na Kazimierzu i w Krakowie morowe powietrze, a następnego roku miasto ponownie przeżyło ogromną powódź. Podobnie w XVI wieku odnotowano powodzie i nieurodzaj, za którym szedł zazwyczaj głód, morowe powietrze, śmierć. Zrozumiałe, że po takich klęskach było wielu bezdomnych, głodnych, kalek i ubogich, którzy szukali pomocy przy furtach klasztornych.