W XVI stuleciu było podobnie, szkoła Bożego Ciała zajmowała pierwsze miejsce wśród chrześcijańskich szkół Kazimierza i wyróżniała się na tle znanych szkół krakowskich. Jej dzieje w latach 1511-1549 obrazują cytowane już publikacje prof. W. Urbana. Rektorami byli wówczas magistrowie: Stanisław (1511-1512), Jan Łyska z Krakowa (1513-1517), Stanisław Karcz (1517-1522), Bartłomiej (1524), Marcin Września (1527), Jan z Kobylina (1530-1539). Obowiązki kantorów i pomocników rektora pełnili bakałarze: Jakub (1511), Jan z Pyzdr (1514), Marcin z Olkusza (1514-1517), Jakub de Bedrustath (1522), Baltazar z Libnicy (1528) Franciszek z Szydłowa (1532), Mateusz (1534), Maciej (1535), Bartłomiej (1543) i Stefan (1549). Fakt, że wszyscy nauczyciele mieli stopnie naukowe, świadczy o wysokiej randze szkoły. W tym samym czasie żaden np. z rektorów szkoły na Skałce nie posiadał tytułu naukowego. O poziomie i znaczeniu szkoły Bożego Ciała świadczy niezbicie także i to, że naukę w niej pobierali oficjaliści innych szkół parafialnych. W 1527 roku np. studiował tu Mikołaj z Gliwic, który wcześniej pełnił obowiązki nauczyciela w szkole przy kościele św. Jakuba. W dokumentach nie ma nawet jednej wzmianki o sporach na tle pensji nauczycielskich, a więc były one wypłacane bez zakłóceń i zgodnie z umowami. Szkoła zatrudniała osobnego palacza (calefactor, suffleta, magister fornarius). Jego występowanie wskazuje, że zabudowania szkolne były obszerne. W latach 1517-1518 obowiązki palacza pełnił łaziebnik Stanisław.
Uczniami szkoły i w tym okresie byli synowie mieszczan Kazimierza, Kleparza oraz innych miejscowości, jak Gliwic, Pilzna, Opatowa, Opatowca, Wiślicy, Mogielnicy, Lwowa, Uniejowa, Krzywaczki, Proszowic. Najznakomitszym spośród uczniów szkoły pierwszej połowy XVI wieku był wspomniany już Andrzej Frycz Modrzewski z Wolborza. Modrzewski uczył się w szkole prowadzonej przez parafię Bożego Ciała i kanoników regularnych w latach 1514-1517. Pozostawił on swój autograf na klocku druków z początku XVI wieku, który obejmuje m.in. tragedie Seneki i podręcznik fizyki Arystotelesa. Pozycje te były z pewnością czytane w szkole, gdyż widnieje na nich również autograf Bartłomieja, rektora wzmiankowanego w 1524 roku.
W dokumentach z pierwszej połowy XVI wieku napotykamy na spór na tle szkoły między klasztorem a radą miasta. Przedmiotem sporu był budynek szkolny. Już pod koniec lat osiemdziesiątych XV wieku stwierdzono potrzebę budowy nowej szkoły, ale prac nie podejmowano z braku funduszy. Rada miasta uważała, że fundusze „super reedificationem et reformationem scole” powinien wyłożyć klasztor, natomiast prepozyt klasztoru Andrzej był zdania, że należy to do powinności władz municypalnych. Dyskusje trwały do 1501 roku, strony oskarżały się nawzajem o upór i brak dobrej woli. W tymże roku konflikt przybrał na sile, a w 1502 roku sprawa trafiła nawet przed trybunał kard. Fryderyka Jagiellończyka, biskupa krakowskiego. Spór załagodziła ostatecznie dopiero komisja powołana przez biskupa Jana Konarskiego, która zebrała się w klasztorze Bożego Ciała w poniedziałek 21 grudnia 1506 roku. W skład komisji weszli: Jan Amicinus, biskup sufragan krakowski, Jan Jordan z Zakliczyna, kasztelan biecki, Mikołaj Bedleński, scholastyk krakowski, Andrzej Rabsztyński i Mikołaj Czepel, kanonicy krakowscy, oraz Jan Reguła, doktor medycyny. Komisji przewodniczył biskup Jan Amicinus. W sesji wzięli udział wszyscy członkowie kapituły klasztornej z prepozytem Benedyktem na czele, a także rada miasta w pełnym składzie z burmistrzem Janem Rachwałem. Komisja rozsądziła polubownie, że połowę sumy na budowę szkoły, która w całości wynosiła 40 grzywien, wyłoży klasztor, zaś drugą połowę da miasto. Rada miasta miała przekazać prepozytowi klasztoru wyznaczoną przez komisję kwotę do świąt wielkanocnych 1507 roku. Obowiązek budowy szkoły od fundamentów złożono na kanoników regularnych.