W utrzymaniu dyscypliny szkolnej miały pomóc nie tylko grzywny nakładane na scholarów, ale i wymierzane im kary cielesne. Kary cielesne stosowano czasem bez umiaru, stąd mamy w aktach oficjalatu kilka skarg studenckich i procesów. Rektor Jan z Krakowa nie wahał się nawet sięgać w karaniu po miecz. W 1515 roku pobił on w czasie zajęć, używając miecza, scholara Stanisława, zaś w 1524 roku scholar Gabriel z Opatowca wytoczył proces o pobicie rektorowi Bartłomiejowi. Rektor broniąc się argumentował, że pobił scholara ze względów dyscyplinarnych i dla jego poprawy.

Problemy duszpasterskie
Prowadzenie parafii nie nastręczało większych problemów zgromadzeniu. Liczne informacje o zapisach na rzecz klasztoru, zakonników, kościoła, bractwa, które spotyka się w księgach miejskich począwszy od 1407 roku do końca XVI wieku wskazywałyby, że zgromadzenie było dobrze widziane, a jego praca cieszyła się uznaniem w mieście.

Władze miasta dawały wyraźne dowody zainteresowania kościołem i klasztorem. Ecclesia oraz conventus Corporis Christi, w przeciwieństwie do innych kościołów w mieście, są przez cały XV i XVI wiek niemal stałą pozycją w miejskich księgach rachunkowych. W kościele Bożego Ciała miała rada miasta swój ołtarz p.w. Trójcy Świętej, stalle oraz grobowiec. W kalendarzu zakrystiana kościoła stałą pozycją były doroczne msze „pro dominos proconsules et consules civitatis”. W większe święta, kiedy rada uczestniczyła w nabożeństwach niejako z urzędu, stalle radzieckie pokrywano szkarłatnym suknem. Spory między zgromadzeniem a władzami miasta na tle spraw parafialnych i kościelnych zdarzały się bardzo rzadko. Najgłośniejszy z nich to niewątpliwie sprawa budowy i utrzymania szkoły ciągnąca się od 1501 do 1506 roku. Atmosferę napięcia sygnalizują jeszcze akta pod rokiem 1562, kiedy to zgromadzenie przypomniało radzie dość radykalnie obowiązek dostarczania oliwy do lamp w kościele, zgodnie z zapisem z 1372 roku, oraz pod rokiem 1567 w związku z realizacją przez miasto zobowiązań wynikających z legatu z 1460 roku.

Nie mamy informacji o konfliktach z witrykami kościoła, organistami, dzwonnikami, nauczycielami szkoły, władzami bractwa. Przeciwnie, dość często przy załatwianiu spraw związanych z kościołem występują razem zakrystian kościoła lub prokurator konwentu i witrycy.

W tekstach zachowanych kazań kanoników z XV i XVI wieku nie odnaleźliśmy odniesień do konkretnych wydarzeń lokalnych, przybliżających w pewnym sensie trudności i problemy z jakimi kanonicy spotykali się w codziennej posłudze duszpasterskiej. Pomocą mogą jednak służyć księgi ławnicze, które zawierają sprawy karne rozstrzygane przez trybunał miejski. Ława sądowa rozpatrywała skargi o zabójstwo, zranienie, pobicie, bluźnierstwo, zniesławienie, obrazę słowną, przemoc, fałszywe oskarżenie, zaciągnięte i nie zwrócone pożyczki, kradzież. K. Łoniewski, w oparciu o zachowane sermonarze Stanisława Kazimierczyka twierdził, że błogosławiony w swoich kazaniach „był niepochlebny, ale śmiele w pospolitości grzechy ludzkie karał”, a nadto często nawoływał do zgody, wzajemnego poszanowania, do zaniechania zemsty i gniewu, do uczciwości. Można zatem twierdzić, że społeczność kazimierska w XV wieku nie miała problemu z manifestowaniem zewnętrznym religijności, była społecznością dewocyjną, obecną w kościele i na procesjach. Nie zawsze natomiast radziła sobie z kształtowaniem kultury moralnej, wzajemnych relacji i więzi.