Wydaje się jednak, że w 1507 roku stara szkoła została tylko odremontowana, a do budowy nowej przystąpiono dopiero po 1526 roku za prepozytury Jana Niczkoniusza. Niczkoniusz zadecydował też o nowej lokalizacji szkoły. „Dla większej wygody kościoła i uczniów” postanowił ją wznieść na cmentarzu kościelnym. Budynek „nowej szkoły” oddany do użytku w 1530 roku, aczkolwiek adaptowany w XIX wieku dla potrzeb mieszkalnych, stoi do dzisiaj; jest to dom przy ul. Bożego Ciała 24.
W drugiej połowie XVI stulecia szkoła nieco podupadła. Miało to bezpośredni związek z kryzysem w łonie zgromadzenia kanoników regularnych. Wśród rektorów szkoły znaleźli się m.in. Paweł Łyczko (ok. 1562), Jan Góra (1572), Sebastian Gładysz (1592) i Marcin Korzeniowski (przed 1599). Obowiązki kantorów i pomocników rektora w nauczaniu pełnili: Jan (1565), Michał z Ropczyc (przed 1572 rokiem), Stanisław z Lubeni (1578), Walenty z Radomska (1579) i Jakub Grotkowski (1593). Najsłynniejszym uczniem szkoły w tym okresie był niewątpliwie Jan Fox (1566-1636), wybitny prawnik, profesor Akademii, archidiakon krakowski, sekretarz królewski. Fox pochodził z Kazimierza i uczył się w szkole parafialnej Bożego Ciała w latach 1577-1581. Wspomnieć wypada również Tomasza Pirawskiego, biskupa sufragana lwowskiego. I on pochodził z Kazimierza i uczył się w szkole parafialnej Bożego Ciała.
Nic szczególnego do dziejów szkoły nie wnoszą wizytacje Radziwiłła z 1596 i 1597 roku. W wizytacji z 1596 roku mamy zaledwie jedną wzmiankę o szkole, a mianowicie przypomnienie o obowiązku śpiewania przez scholarów antyfony maryjnej codziennie po nieszporach. Nieco więcej miejsca poświęca szkole wizytacja z 1597 roku. Przede wszystkim dowiadujemy się z niej, że szkoła posiadała swoje statuty (ordinationes), a także, że do grona pedagogów wchodzili rektor, kantor i organista. Wizytacja nie wymienia ich jednak imiennie, nie wspomina o ich uposażeniu, zezwala jedynie, aby w niedziele i święta mogli zasiadać do stołu w refektarzu klasztornym razem z zakonnikami. Dając wytyczne odnośnie posiłków, nadmienia także o uczniach, których „in hoc monasterio educari solent”; zakonnicy mogli swobodnie dzielić z nimi przysługujące im codziennie porcje żywnościowe. Żadna z wizytacji nie przytacza natomiast ilości uczniów objętych edukacją.
Szkoła była otoczona dużą troską tak ze strony władz miasta, jak i zgromadzenia kanoników regularnych. Miała też dobrodziejów wśród możnych. Np. w 1521 roku Jakub Wolski, podrządca krakowski, poczynił w swoim testamencie legat na jej scholarów. Mimo to codzienne funkcjonowanie szkoły nie było wolne od trudności, które raz wynikały z nieodpowiedzialności samych nauczycieli, innym zaś razem z trudnych charakterów i zamiłowania do rozrywki scholarów. Sprawy wielokrotnie opierały się o rektora Akademii Krakowskiej albo też oficjalat diecezji krakowskiej. W 1478 roku przed rektorem Akademii toczyła się np. sprawa przeciw rektorowi szkoły Stanisławowi Seligowi, który swojemu pomocnikowi Marcinowi z Bielska nie wypłacił należności za pracę. Podobną sprawę rozpatrywał rektor Akademii w 1494 roku przeciw rektorowi szkoły Michałowi z Nowego Miasta. W lipcu 1514 roku rektor Jan Łyska został oskarżony przez magistra Stanisława Srollę o niemoralne prowadzenie się. W procesie, obok bakałarza Marcina z Olkusza, wzięli także udział uczniowie: Andrzej Frycz Modrzewski, Hieronim z Kazimierza, Feliks z Krzywaczki i Mikołaj z Uniejowa. W 1539 roku rektor Jan z Kobylina skarżył się w oficjalacie o paszkwil i godzenie na jego życie. Awanturnikiem okazał się Franciszek z Szydłowa, którego zatrudniono w szkole w 1532 roku jako kantora. Jego osobą i wyczynami, pijaństwem i bijatykami, wielokrotnie zajmował się oficjalat biskupi. Rektor Bartłomiej natomiast został oskarżony o sprzyjanie luteranizmowi. W kwietniu 1557 roku Stanisław Myszkowski, starosta malborski, wniósł skargę do kapituły krakowskiej o to, że jego ludzie, kalwini, zostali napadnięci przez studentów pod wodzą samego rektora szkoły przy kościele Bożego Ciała. Ale przed sądem oficjała stawali też scholarowie: Szymon Piscatoris w 1518 roku, bo strzelał do Bartłomieja Konwisarowicza; Daniel w 1524 roku za kradzież w izbie Wojciecha z Krakowa; Maciej z Proszowic w 1531 roku, ponieważ zastano go w karczmie na pijackiej bijatyce; Jan w 1547 roku, za obelżywe zachowanie w stosunku do Felicji Lanczonki. Maciej z Proszowic spędził nawet jakiś czas w więzieniu miejskim za pobicie obywatelki kazimierskiej Anny Niedzielanki.